Augmentation de la résistance aux antibiotiques des Entérobactéries isolées à l'Institut National d'Hygiène de Lomé de 2010 à 2017

Résumé : Cette analyse rétrospective sur huit ans (2010–2017) a étudié l'évolution du profil de résistance aux antibiotiques des Entérobactéries isolées au laboratoire de bactériologie de l'INH de Lomé. Sur 5 910 souches d'Entérobactéries isolées, la résistance d'Escherichia coli à la Ceftazidime a augmenté de 18,69 % à 39,26 %, et celle à la Ceftriaxone de 1,68 % à 40,22 % entre 2010 et 2017. Cette progression alarmante de la résistance aux céphalosporines de 3e génération et aux fluoroquinolones limite les options thérapeutiques disponibles et appelle des mesures urgentes.

Auteurs : Fortune Djimabi Salah, Adodo Yao Sadji, Koffi Akolly, Bawimodom Bidjada, Koffi Somenou Awoussi, Afi Mawunya Abaya, Amélé Amouzou-Glikpa, Abla Kutoati, Lionel Amegan, Kpatcha Karoue Palanga, Pauline K. Yanogo, Marianne Laurent Kouawo, Joseph Otshudiandjeka, Bernard Sawadogo, Fadima Diallo-Ouedraogo, Yao Layibo, Akouda Patassi, Wemboo Afiwa Halatoko, Jacques Simpore, Bayaki Saka

Institutions : ¹Laboratoire de bactériologie, Institut National d'Hygiène (INH), Lomé, Togo ; ²Burkina Field Epidemiology and Laboratory Training Program, Université Joseph Ki-Zerbo, Ouagadougou, Burkina Faso ; ³Service des Maladies Infectieuses du Centre Hospitalier Universitaire Sylvanus Olympio, Lomé, Togo ; ⁴LaBioGene/CERBA, Université Joseph Ki-Zerbo, Burkina Faso ; ⁵Faculté des sciences de la santé, Université de Lomé, Togo

Lien de publication : https://www.afenet-journal.net/content/series/4/3/3/full/

Contact : Dr Adodo Yao Sadji — adodosadji@yahoo.fr — Tél. : +228 90 31 73 95

Introduction

La résistance aux antibiotiques constitue aujourd'hui l'une des plus graves menaces pesant sur la santé mondiale, la sécurité alimentaire et le développement. Le traitement des infections devient plus difficile, parfois voire impossible, du fait de la perte d'efficacité des antibiotiques pour un nombre croissant d'agents pathogènes. L'émergence et la propagation de la résistance aux antibiotiques exposent à un risque accru d'échec thérapeutique, entraînent une prolongation des durées d'hospitalisations, une augmentation du coût des traitements et une morbi-mortalité élevée.

En février 2017, l'OMS a publié sa première liste d'agents pathogènes prioritaires résistants aux antibiotiques, comportant les Entérobactéries résistantes aux Céphalosporines de 3e génération (C3G) et aux Carbapénèmes, incluant les souches d'Escherichia coli et de Klebsiella pneumoniae.

Le défi majeur pour l'Afrique est l'absence ou la faible disponibilité de données sur la résistance aux antimicrobiens (RAM). En Afrique de l'Ouest, la faible capacité des laboratoires, des infrastructures et de la gestion des données empêche une surveillance efficace. Au Togo, le processus de lutte contre la RAM a été initié avec un plan d'action national, incluant le renforcement de la communication, l'intégration des données dans les systèmes de surveillance épidémiologique et le renforcement des capacités de tests de sensibilité aux antimicrobiens. Cette étude contribue à pallier le déficit de données sur la situation de la résistance des bactéries aux antibiotiques au Togo.

Méthodes

Cadre de l'étude

L'Institut National d'Hygiène (INH) du Togo, laboratoire national de référence pour les maladies à potentiel épidémique situé à Lomé, a servi de cadre pour cette étude. Ses activités portent sur les analyses de biologie médicale, la surveillance épidémiologique, le contrôle qualité de l'eau et des aliments, et la délivrance des carnets internationaux de vaccination. Le laboratoire de bactériologie médicale effectue les examens cytobactériologiques sur divers produits pathologiques (urines, prélèvements vaginaux, spermes, curetages urétraux, selles ou suppurations diverses).

Type et période d'étude

Il s'agissait d'une analyse rétrospective, portant sur la base de données des antibiogrammes réalisés au laboratoire de bactériologie de l'INH de Lomé, sur la période de janvier 2010 à décembre 2017.

Population et échantillonnage

Un échantillonnage exhaustif de tous les antibiogrammes effectués entre janvier 2010 et décembre 2017 a été réalisé. L'étude a pris en compte l'ensemble des souches d'Entérobactéries isolées des échantillons biologiques pour lesquels un résultat d'antibiogramme était disponible.

Identification des souches et test de sensibilité

Les souches bactériennes ont été isolées à partir des urines, prélèvements vaginaux (PV), prélèvements des voies génitales mâles (PVGM), culots urinaires, liquides d'épanchement, pus, prélèvements des voies aériennes et selles. L'identification biochimique a été réalisée par la galerie API 20E (Biomérieux, France). Le test de sensibilité aux antibiotiques a été réalisé selon la méthode de diffusion de Kirby-Bauer sur gélose Mueller-Hinton, suivant les recommandations CA-SFM/EUCAST.

Les antibiotiques testés incluaient : Amoxicilline (AMX), Amoxicilline + acide clavulanique (AMC), Ceftriaxone (CRO), Ceftazidime (CAZ), Céfotaxime (CTX), Aztréonam (ATM), Imipénème (IMP), Amikacine (AN), Gentamicine (G), Acide Nalidixique (NA), Norfloxacine (NOR), Ciprofloxacine (CIP), Triméthoprime/sulfaméthoxazole (SXT) et Fosfomycine (FOS).

Analyse statistique

L'analyse descriptive a été réalisée avec Excel et Epi Info version 7.1.3.3. Les prévalences de résistance par espèce bactérienne ont été calculées par année. La comparaison des proportions a été faite par le test d'homogénéité du Chi-carré et les variations temporelles par le test Chi-carré de tendance de Mantel-Haenszel. Le seuil de significativité était fixé à 5 % (p < 0,05).

Considérations éthiques

L'INH a donné son accord (N°571/2019/MSHP/CAB/SG/DGAS/DPML/INH) pour l'utilisation des données. Le protocole a été validé par les encadreurs du Burkina Field Epidemiology and Laboratory Training Program (BFELTP). Les dispositions nécessaires ont été prises pour protéger la confidentialité des données des clients et des prescripteurs.

Résultats

Caractéristiques des souches bactériennes

De janvier 2010 à décembre 2017, un total de 5 910 espèces d'Entérobactéries ont été isolées au laboratoire de bactériologie de l'INH, représentant 52,52 % de l'ensemble des souches bactériennes isolées (11 253 souches au total). Escherichia coli (n = 3 778 ; 63,93 %) était l'espèce la plus fréquemment isolée, suivie de Klebsiella spp. (n = 1 351 ; 22,86 %). Les souches provenaient majoritairement des urines (n = 3 522 ; 59,59 %) et des prélèvements vaginaux (n = 1 681 ; 28,44 %).

Résistance des souches d'Entérobactéries aux antibiotiques

La résistance acquise à l'Amoxicilline était de 93,19 % pour l'ensemble des souches d'Entérobactéries. Entre 2010 et 2017, une baisse non significative de 100 % à 94 % (p = 0,73) a été enregistrée. En présence de l'acide clavulanique, cette résistance baissait à 65,04 % des souches.

Pour les C3G, un taux de résistance globale de 31 % aux souches d'Entérobactéries a été enregistré. Le taux de résistance à la Ceftazidime a augmenté de 18,53 % en 2010 à près de 39 % en 2017 (p < 0,0001). La résistance à la Ceftriaxone a émergé en 2011 (3,14 %) et a atteint 39,54 % en 2017 (p < 0,0001).

Pour Escherichia coli spécifiquement, entre 2010 et 2017 :

• Ceftazidime : augmentation de 18,69 % à 39,26 % (p < 0,0001)
• Ceftriaxone : augmentation de 1,68 % à 40,22 % (p < 0,0001)
• Ciprofloxacine : augmentation de 42,37 % à 63,23 % (p < 0,0001)

Pour Klebsiella spp., entre 2010 et 2017 :

• Ceftazidime : augmentation de 25,26 % à 42,54 % (p < 0,0001)
• Ceftriaxone : augmentation de 2,17 % à 41,79 % (p < 0,0001)

Le taux de résistance des Entérobactéries aux Quinolones/Fluoroquinolones a également évolué de manière croissante entre 2010 et 2017.

Conclusion

L'augmentation de la résistance des Entérobactéries aux antibiotiques et surtout l'évolution des résistances aux Céphalosporines de 3e génération et aux Fluoroquinolones est un phénomène réel. Ceci exposera à des difficultés de prise en charge thérapeutique des infections communes en milieu communautaire et hospitalier, et nécessite la mise en place de dispositions appropriées. La présente étude contribue à pallier le déficit de données sur la RAM au Togo et à la mise en place d'un système national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens.

Mots-clés : Résistance aux antibiotiques, Enterobacteriaceae, surveillance, Togo